A pestis az emberiség legpusztítóbb járványa, csak 1348 és 1350 között huszonötmillió ember halálát okozta. A kórokozó, a Yersinia Pestis a patkányok bolháiról terjedt az emberre, ugyanakkor cseppfertőzéssel is terjed emberről-emberre. Főbb típusai a bubópestis, a szeptikémiás pestis és a tüdőpestis. A középkorban jelent meg először Európában, menekülő genovai hajósok által, akik a krími Kaffa ostroma után hajóztak Messinába. A hajókat visszafordították, de már késő volt.
A pestis a kaffai ostromnak köszönhetően (az ostromló mongol sereg vezére belövette a várba a mongol seregben pestisben meghalt katonák holttesteit) hajókon jutott be Itáliába, ahonnan a kereskedelmi útvonalak mentén tovaterjedt a többi nyugat-európai országba, Észak-Afrikába és a Közel-Keletre is. Az iszlám világ egyharmada halt bele a pestisbe, de Nyugat-Európában is ijesztő számokról olvashatunk. Marseille-ben a lakosság 60 százaléka meghalt, Angliában a lakosság közel fele halt meg. A betegség végül Kelet-Európában, Oroszországban tűnt fel, majd eltűnt. A következő 300 évben még többször felbukkant Európában és szintén nagy pusztítást okozott, de a legelső járvány okozta a legnagyobb halálozást.
A korabeli orvostársadalom mély megdöbbenéssel és teljes tehetetlenséggel fogadta a hírt, Montpellier-ben szinte valamennyi orvos maga is a járvány áldozatává vált. Ahogy a pápa orvosa Guy de Chauliac jellemezte őket: a "betegség által mélységesen megalázott" orvosok szinte minden eszközt kipróbáltak, hogy elejét vegyék vagy gyógyítsák a halálos kórt.
Javasoltak diétát, érvágást, égetést. Illatos fákból raktak tüzeket, hogy a levegőben felgyülemlett káros anyagok ellen védekezzenek, voltak akik a levegő megmerevedésével magyarázták a pestis terjedését, mely állapotot hangoskodással, harangozással, lövöldözéssel, madarak lakásban történő reptetésével kívántak megszüntetni. Mások a csillagok különös együttállásának, szeizmikus jelenségeknek tulajdonították a történteket.
Az egyedüli eredményt a betegség terjedésének megakadályozása hozta. Angliában találták ki a karantént, Itáliában pedig egyszerűen bedeszkázták azokat a házakat, ahol pestisgyanús embert találtak. Eredményes volt még a városokból való elmenekülés is, ezek az emberek vidéken, elszigetelten húzták ki a járvány elvonulását( Boccaccio: Dekameron).
A betegséget a legveszélyesebb biológiai fegyverek egyikeként tartják számon. A hidegháborúban kifejlesztették a pestis antibiotikumra rezisztens, por alakban tárolható változatát. A betegség már gyógyítható, ha idejében elkezdik a kezelést, a halálozás esélye 5% alá csökkenthető. A pestis ugyanakkor újra felbukkanóban van, pl. Algériában, Tibetben, Madagaszkáron.
